Sayıları henüz 100'ün altında olmakla beraber şu anda aktif olarak e-Fatura mükellefi olan eczaneler bulunmaktadır. e-Fatura sistemine geçiş nedenleri genel olarak eczane ciro limitleridir, ancak isteğe bağlı olarak da e-Fatura sistemine geçen eczaneler vardır. 1 Temmuz 2021 tarihinden itibaren bütün eczaneler e-fatura sistemine geçmek zorundadır.
